Bałtyk, którego powierzchnia wraz z cieśniną Kattegat wynosi ponad 415 tysięcy kilometrów kwadratowych, narażony jest na skażenie ściekami pochodzącymi z przemysłu chemicznego, metalurgicznego, rolnictwa oraz eksploatacji statków. Zanieczyszczenia chemiczne powodują zaburzenia kodu genetycznego wielu gatunków oraz śmierć organizmów zwierzęcych i roślin.

Ochroną środowiska naturalnego Morza Bałtyckiego zajmuje się Komisja Helsińska. W 1974 roku państwa nadbałtyckie podpisały konwencję, która weszła w życie 6 lat później. Reguluje ona zagadnienia związane z kompleksową ochroną środowiska Morza Bałtyckiego. Obejmuje zapobieganie zanieczyszczeniom z lądu i statków, zakaz zatapiania odpadów i innych substancji oraz współpracę przy zwalczaniu zanieczyszczenia morza. Zawiera też listę substancji i materiałów niebezpiecznych lub szkodliwych.

W 2000 roku zakończył się proces ratyfikacji kolejnej konwencji ekologicznej, podpisanej przez wszystkie państwa leżące nad Bałtykiem oraz Wspólnotę Europejską. Wzmacnia ona zobowiązania stron zawarte w konwencji z 1974 roku. Chroni przed zanieczyszczeniami wszystkie wody należące do Morza Bałtyckiego, łącznie z jego zlewiskiem na terenie krajów, które ją podpisały. Szczególnie chronionymi przez Komisję Helsińską fragmentami polskiego wybrzeża są Woliński Park Narodowy, Nadmorski Park Krajobrazowy, Mierzeje Helska i Wiślana oraz Kępa Redłowska.

22 marca w krajach położonych nad Morzem Bałtyckim jest obchodzony Dzień Ochrony Bałtyku. Został ustanowiony przez Komisję Helsińską w 1997 roku jako element Światowego Dnia Wody, także obchodzonego 22 marca.